1999년 2월 27일 문화관광부 전국 7대 문화관광권 개발사업으로 지정되어 2003년 9월 26일 개관하였다. 서복은 영주산에서 불로초를 구한 후 서귀포 앞바다 정방폭포 암벽에 (서불과지 : 서복이 이곳을 지나갔다)라는 글자를 새겨놓고 서쪽으로 돌아간 포구라고 전해진다. 서복은 한중일 우호교류 및 선진문명을 전파한 문화의 사자로써 한국, 중국, 일본에서는 매년 서복을 기리는 행사를 개최하고 있다.
관람료 폐지(「제주특별자치도 서복전시관 설치 및 운영조례」 개정(2023. 5. 10.))